את שירותו הצבאי עשה אלי בחיל המשטרה הצבאית, כלוחם ביחידת העילית כוח 100 אשר מהווה כוח ההתערבות המיידי במקרה של התפרעות או חטיפת חייל במתקן הכליאה לעצורים בטחוניים – מגידו.
לאתר סיום הטירונות, התחיל אלי קורס בן 3 שבועות כהכנה לקורס מ׳׳כים בן 7 שבועות בבית הספר לחי"ר. אלי, שסיים את הקורס בהצלחה, עבר שבוע הדרכה במכון ווינגייט, להעלאת רמת הכושר הגופני ועקרונות בקרב מגע. אלי הצטיין בקרב מגע ובכושר גופני גבוה ,כגבר הכשרה נוספת שבסיומה הוסמך כמדריך כושר גופני קרבי וקרב מגע.
לאחר 12 השבועות הראשונים להכשרתו, הגיע אלי לראשונה למתקן הכליאה, לצורך אימונים גופניים וקרב מגע שנמשכו חודש וחצי, כהכנה לקורס ללוחמה בטרור. בסיום ההכנה, החל אלי את הקורס המתקדם ללוחמה בטרור (לוט׳׳ר) המיועד אך ורק ליחידות העילית בצה׳׳ל. הקורס התבצע בבית הספר ללוחמה בטרור, במהלכו התמקצע אלי במיומנות בנשק, בהפעלת אמצעים מיוחדים לפיזור הפגנות, באימוני הישרדות, קרב מגע, השתלטות על מבנים ועוד.
במהלך הקורס, אלי נפצע אך התעקש להמשיך במסלול עד תומו. מאחר והיה חייל למופת הסכימו מפקדיו לאפשר לו להמשיך במסלול על אף פציעתו. עם סיום הקורס הוענקה לאלי סיכת היחידה "כוח 100" והוא החל את שירותו במתקן הכליאה מגידו.
מתחילת דרכו בצוות וביחידה, התבלט אלי כלוחם מקצועי ואיכותי שניחן בכושר גופני גבוה וברצון עז לעמוד בכל אתגר ומשימה. אלי אף נטל חלק כמפקד באימון הקמה של צוות חדש. חדוות החיים שלו הדביקה את כל הסובבים אותו והיוותה חלק מרכזי וחשוב בהווי הצוות.
אלי טוב המראה, בעל החיוך השובה והקסם האישי, היה אהוב על מפקדי הצוות וחייליו כאחד. חיילי יחידתו ראו בו חבר נאמן וכתף תומכת והוקירו את סגולותיו האישיות.
הם מספרים: ״אתה שהחזקת אותנו בחיוך ובצחוק המתגלגל המפורסם, הכל-כך מעודד, מנחם ומדרבן להמשיך הלאה״… ״תמיד אזכור אותך כבן-אדם מפרגן, חייכני, אופטימי שאוהב לתת״… ״אני זוכר אותך רק מחייך, שמח, תמיד עם בטחון עצמי, תמיד מוכן לעזור״
